根据《国务院批转中国人民银行关于加强金融机构监管工作意见的通知》（国发[1994]54号）中关于“农村合作基金会是社区内为农业、农民服务的资金互助组织，不是金融机构”的规定精神，农村合作基金会的所得税不属于金融保险企业所得税征管范围，因此，农村合作基金会所得税征管工作由地方税务局负责，所得税税款入地方金库。